הפרעות "חומרה" פגיעה במבנים של מנגנון הבליעה עצמו, כגון שרירי הלוע או הגרון, העצבים המעצבבים אותם ומבנים נוספים בצוואר או בבית החזה. תחת הכותרת הזו ניתן למצוא מטופלים שהפרעת הבליעה שלהם נגרמת עקב חסימה או היצרות של הלוע או הוושט, הצטלקויות או שיתוק עצבים בצוואר לאחר ניתוחים או הקרנות ועוד.